Con Gái Của Bầu Trời kể về những sinh vật bí ẩn biết bay có tên là XI đột nhiên xuất hiện, để đối đầu với chúng, loài người đã tạo các chiến đấu cơ Daughters và hệ thống chiến đấu tự động Anima có hình dáng như những thiếu nữ. Trung tâm câu chuyện là 1 anh chàng trẻ tuổi tên Narutani Kei, với khát khao bay trên bầu trời, và 1 anima được xem là quân chủ bài của nhân loại, cô gái ấy tên là Gipen
